עמותת המקור מורכבת מחברי וידידי העמותה, והם מהווים את בסיס לפעולותיה. חברות וידידות בעמותה מותנים בתשלום דמי חבר שנתיים על סך 100 ש"ח (50 ש"ח לחיילים וסטודנטים) אותם ניתן לשלם דרך האתר "לתרום" או במהלך כנס אוגוסט פינגווין. דמי החבר מהווים את מקור הכספים העיקרי של העמותה ומיועדים לטובת הקהילה ובהתאם למטרות העמותה.

מעבר ממעמד ידיד העמותה למעמד חבר עמותה מאפשר הצבעה באספה הכללית של העמותה ולהיבחר למוסדותיה (ועד העמותה וועדת הביקורת). אין מגבלת זמן לגבי ביצוע מעבר זה.

חברות בעמותה מותנת בתרומה משמעותית למטרות העמותה, כלומר לנושא קוד מקור פתוח ותוכנה חופשית (פרטים נוספים בסעיף חברות בתקנון העמותה). ניתן לבצע את המעבר ע"י שליחת מכתב לוועד העמותה בנוסח הבא:

"אני (שם, מען ומספר זהות) מבקש להיות חבר בעמותת "מקור- העמותה הישראלית למקור פתוח ותוכנה חופשית". מטרות העמותה ותקנונה ידועים לי. אם אתקבל כחבר בעמותה, אני מתחייב לקיים את הוראות התקנון ואת החלטות האסיפה הכללית של העמותה"

הפרטים האישיים נדרשים לנו במסגרת חוקי העמותות, אין העמותה משתמשת בפרטי חבריה מלבד שליחת קבלות על דמי החבר ותזכורות לגבי סיום מועד החברות.