עמותת המקור מורכבת מחברי וידידי העמותה, והם מהווים את בסיס לפעולותיה. חברות וידידות בעמותה מותנים בתשלום דמי חבר שנתיים על סך 100 ש"ח (50 ש"ח לחיילים,לסטודנטים ולצעירים מתחת לגיל 18) אותם ניתן לשלוח בדואר, לשלם באשראי דרך האתר "לתרום" או לשלם במהלך כנס אוגוסט פינגווין.

דמי החבר מהווים את מקור הכספים העיקרי של העמותה ומיועדים לטובת הקהילה ובהתאם למטרות העמותה.

הצטרפות לעמותה נעשית במעמד ידיד העמותה. מעמד זה מזכה בכל ההטבות הקשורות בחברות בעמותה למעט הזכויות להצביע באסיפה הכללית ולהיבחר למוסדות העמותה (ועד העמותה וועדת הביקורת). מלבד סייגים אלה, אין הבדל בין מעמד ידיד למעמד חבר עמותה.

שינוי מעמד לחבר עמותה מותנת בתרומה משמעותית למטרות העמותה, כלומר לנושא קוד מקור פתוח ותוכנה חופשית (פרטים נוספים בסעיף חברות בתקנון העמותה). ניתן לבצע את המעבר ע"י שליחת בקשת הצטרפות וצילום ת.ז. לכתובת הדואר של העמותה, כולל פירוט לגבי התרומה למטרות העמותה.

נוסח הבקשה:

"אני (שם, מען ומספר זהות) מבקש להיות חבר בעמותת "מקור- העמותה הישראלית למקור פתוח ותוכנה חופשית". מטרות העמותה ותקנונה ידועים לי. אם אתקבל כחבר בעמותה, אני מתחייב לקיים את הוראות התקנון ואת החלטות האסיפה הכללית של העמותה"

הפרטים האישיים נדרשים לנו במסגרת חוקי רשם העמותות, אין העמותה משתמשת בפרטי חבריה מלבד שליחת קבלות על דמי החבר ותזכורות לגבי סיום מועד החברות.